Su nombre proviene del vocablo quechua ñuñu, que significa "Mama", debido a dos colinas cercanas (Los Nonos) que se alzan sobre la ribera opuesta del río de Los Sauces. Pese al supuesto nombre quechua (el imperio quechua o Tawantinsuyu nunca llegó a la Provincia de Córdoba ni a la de San Luis; la razón para que existan aparentes nombres "quechuas" en el centro -y otras zonas- de Argentina se debe a que durante la Conquista española el quechua fue usado -especialmente por los misioneros católicos- como lengua vehicular). Lo cierto, sea cual sea la etimología del topónimo es que esta localidad fue uno de los últimos asientos de la autóctona etnia Henîa-Kamîare que poseía su propio idioma absolutamente diferente del quechua.
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